En 1884 el Ministro de Guerra y Marina argentino Benjamín Victorica comandó sus tropas en las acciones de conquista y ocupación de los territorios actuales de la provincia del Chaco, entonces habitadas por los pueblos mocoít, qom, pilagás, wichís, vilelas y otros. El proceso de desplazamiento forzado y utilización de éstos como mano de obra barata precisó entonces de la creación de las llamadas reducciones civiles, instituciones estatales que delimitaban territorios donde confinar a los pobladores originarios para su control y disponibilidad. La reducción de Napalpí fue creada en 1911, sobre una extensión de 20.000 hectáreas. En 1915 se encontraban en la misma 1300 personas pertenecientes a las comunidades qom, mocoít y shinpi’, usualmente empleadas en la explotación forestal y algodonera de la administración del Territorio Nacional del Chaco en control del territorio, así como por colonos externos en sus chacras e ingenios azucareros. Los habitantes de la reducción no tenían permitida la libre circulación y sufrían de pésimas condiciones habitacionales, sanitarias, alimenticias y laborales, con paga no equitativa, sin descanso y forzados a costumbres ajenas a su tradición y forma ancestral de vida.

Entre fines de 1923 y principios de 1924, los conflictos por estas condiciones entre los habitantes de la reducción y el gobierno del Territorio Nacional del Chaco aumentaron cuando el gobernador Fernando Centeno prohibió la salida de indígenas de la reducción, ya que los colonos locales se oponían al traslado de la mano de obra hacia los ingenios de las provincias de Jujuy y Salta. Mientras los qom y mocoít deseaban trabajar en la zafra, donde la paga era escasa pero mayor que en la reducción, los colonos pretendían hacer uso de éstos en sus cultivos de algodón. Liderados por los caciques Gómez, Maidana, Machado y Dominga, cientos de qom y mocoít se retiraron de la reducción y concentraron en El Aguará para iniciar una huelga y petición de mejores condiciones de vida, que no tuvo respuesta al principio por parte de las autoridades. En mayo de 1924 las negociaciones se extendieron con peticiones y promesas por parte de la administración del territorio, aunque ante su incumplimiento la concentración se mantuvo en firme mientras la prensa local hablaba de “amenaza indígena” y “sublevación”. En junio de ese año un contingente policial fue instalado cerca de la reducción para perseguir a sus habitantes.

El 19 de julio, el avión Chaco II del Aero Club Chaco sobrevoló la zona y arrojó desde el aire comida y golosinas para sacar a los qom y mocoít de sus viviendas: cuando esto ocurrió una fuerza de más de cien hombres de la Policía Nacional de Territorios, junto a colonos y terratenientes, dispararon más de 5000 balas hacia los hombres, ancianos, mujeres y niños concentrados allí. Quienes no murieron por la balacera fueron rematados con machetes, vejados y torturados. Se preservan testimonios de mutilaciones, decapitaciones, empalamientos, entierros en fosas comunes e incineración de cadáveres. Los cuerpos de los líderes fueron exhibidos como escarmiento, y un frasco con las orejas y testículos del cacique Maidana permaneció tras la masacre en la comisaría de la localidad cercana de Quitilipi. Los sobrevivientes de la masacre (cerca de cuarenta niños y quince adultos) fueron perseguidos hasta el mes de septiembre para eliminar la posibilidad de testigos. Se estima que en total fueron asesinadas entre 400 y 500 personas qom y mocoít.

Poco tiempo después de la masacre comenzaron a circular las primeras noticias en la prensa chaqueña y partes militares, que en maniobras de ocultamiento adoptaron la versión oficial que hablaba de “malones” y enfrentamientos entre facciones de pueblos originarios. El juzgado federal de Resistencia, capital del Chaco, caratuló el expediente 910/24 como “Sublevación indígena en la Reducción de Napalpí”, recogiendo sólo versiones policiales y sin testigos de las comunidades afectadas. Centeno se vio obligado a ir hacia la capital Buenos Aires, donde los diarios ya recogían versiones de la matanza, a exponer una versión falsa indicando que los muertos habían sido cuatro, todos ellos “indígenas que se mataron entre ellos”. El 29 de agosto, cuarenta días después de la matanza, el exdirector de la Reducción de Napalpí Enrique Lynch Arribálzaga denunció mediante una carta al Congreso Nacional que la persecución de sobrevivientes continuaba para que no pudieran servir de testigos si se enviara una Comisión Investigadora de la Cámara de Diputados.

El caso escaló de forma tal que en septiembre de 1924 la Cámara de Diputados de la Nación comenzó a discutirlo con una sesión por semana durante el siguiente mes. Varios legisladores reclamaron la renuncia de Centeno y el bloque socialista asumió la responsabilidad de la comisión investigadora. El 4 de septiembre se convocó una sesión extraordinaria para interpelar al Ministro del Interior, Vicente Gallo, durante seis horas. Allí el diputado Francisco Pérez Leirós expuso los resultados refiriéndose a ellos como “una serie de hechos que parecen propios de la pesadilla de un loco” y mostró el frasco con las orejas y los testículos del cacique Maidana.

A pesar de las pruebas y resultados de las investigaciones, la causa fue rápidamente cerrada. Centeno continuó en su cargo y desplazó al juez que atendía el caso, Justo Farías, para reemplazarlo por Juan Sessarego, un hombre de su confianza. El fiscal Jerónimo Cello, que pidió porque el caso no fuera archivado, fue por ello desplazado. Sessarego sobreseyó a los ochenta policías imputados. El crimen permaneció de esta manera impune y oculto durante ocho décadas.

En 2004, ochenta años después de la masacre, las organizaciones representantes de los pueblos originarios del Chaco iniciaron una acción civil resarcitoria de indemnización por daños y perjuicios, y en enero de 2008 el gobierno de esa provincia pidió disculpas públicas y oficiales por los hechos. En 2014 el Ministerio Público Fiscal de la Nación inició una nueva investigación de los crímenes cometidos en Napalpí que duró cuatro años para determinar si habían tenido lugar crímenes de lesa humanidad, y solicitó la apertura de un Juicio por la Verdad ante la situación de que todos los responsables ya se encontraran fallecidos. Como parte de esta investigación, la Unidad de Derechos Humanos de la Fiscalía Federal de Chaco y la organización civil Fundación Napalpí solicitaron también la intervención del Equipo Argentino de Antropología Forense (EAAF). Este equipo comenzó los trabajos de exhumación de la fosa común en el sitio de la masacre en 2018, y encontró en septiembre del año siguiente los primeros restos óseos que determinaron la existencia de cuatro tumbas comunes.